Postoje mnoge metode ekstrakcije koje se najčešće koriste u kineskoj medicini. Za ekstrakciju kineske medicine sa različitim hemijskim komponentama treba izabrati odgovarajuću metodu. Uobičajene metode ekstrakcije uključuju: ekstrakciju vode, ekstrakciju organskim rastvaračem, kiselu ili alkalnu ekstrakciju organskim rastvaračem, destilaciju vodenom parom, enzimsku hidrolizu ili inhibiciju enzimske hidrolize, hemijski tretman, ekstrakciju sublimacijom, superkritičnu ekstrakciju, ultrazvučnu ekstrakciju, ekstrakciju uz pomoć mikrotalasne pećnice.
Većina ekstrakcije kineske medicine koristi procese ekstrakcije kao što je ekstrakcija miješanjem ili dinamička ekstrakcija cirkulacijom pumpom, jer miješanje i ekstrakcija tekućim rastvaračem mogu poboljšati učinak ekstrakcije i brzinu ekstrakcije. Zbog povećanja razlike koncentracije i pritiska na unutrašnjem kraju kapilare medicinskog materijala veći od pritiska na vanjskom kraju, ekstrakt unutar medicinskog materijala kontinuirano teče kroz kapilaru u rastvarač.